水冷预混天然气锅炉与普通天然气锅炉有诸多区别，主要体现在以下几个方面：
燃烧技术
水冷预混天然气锅炉：采用预混燃烧技术，在燃烧前将天然气和空气按照一定比例充分混合，使燃烧更充分、更均匀。利用水冷技术，通过水来冷却燃烧区域，降低燃烧温度，抑制氮氧化物等污染物的生成，氮氧化物排放通常可低至≤30mg/m³，甚至更低。
普通天然气锅炉：一般采用传统的扩散燃烧或部分预混燃烧方式，燃料和空气在燃烧室内边混合边燃烧，混合程度和燃烧充分度相对较低，燃烧温度较高，容易产生较多的氮氧化物等污染物，其氮氧化物排放相对较高。
热效率
水冷预混天然气锅炉：燃烧充分且热量利用更高效，部分水冷预混天然气锅炉还配备冷凝装置，能回收烟气中的显热和水蒸气的凝结潜热，热效率较高，一些产品的热效率可达 108%。
普通天然气锅炉：热效率一般在 95% 左右，普通燃气锅炉在燃烧时产生的水在烟气中处于过热状态的水蒸汽，随烟气从烟囱中流失，造成了一定的热量损失。
安全性能
水冷预混天然气锅炉：没有常规锅炉的炉膛，烟气单回程，天然气不易在炉体内积聚而发生爆炸的危险。此外，水冷预混平面燃烧技术本身也有助于降低燃烧过程中的安全风险。
普通天然气锅炉：需要配备较为复杂的安全保护装置来防止燃气泄漏、超压、缺水等安全问题。一旦出现缺水干烧等情况，容易引发严重的安全事故。
结构设计
水冷预混天然气锅炉：通常采用水管结构，水容积相对较小，如力聚的超低氮燃气冷凝蒸汽锅炉水容积仅为常规锅炉的 1/6。炉体换热管常采用整体压铸成型技术等，以增加换热面积和结构强度。
普通天然气锅炉：有多种结构形式，如常见的火管锅炉、水管锅炉等。火管锅炉水容积较大，结构相对传统；水管锅炉则在结构上与水冷预混天然气锅炉有一定相似性，但在燃烧和换热的细节设计上存在差异。
调节性能
水冷预混天然气锅炉：采用变频比例调节式燃烧技术等，比调范围大，通常从 30% 到 100%，可以根据实际需求更精准地智能调节燃料输入比，能更好地适应不同的负荷变化。
普通天然气锅炉：调节性能相对较差，在低负荷运行时，可能会出现燃烧不充分、热效率降低等问题。
运行成本
水冷预混天然气锅炉：综合节能效果明显，比常规蒸汽锅炉综合节能 5%-25%。但设备采购成本相对较高。
普通天然气锅炉：设备采购成本相对较低，但由于热效率相对较低，在长期运行过程中，燃料消耗较多，运行成本较高。
